Rockman EXE Operate Shooting Star

Story

Das Spiel hat die gleiche Geschichte wie das Original. Der einzige Unterschied besteht darin, dass zwei Ereignisse hinzugefügt wurden, die mit der Mega Man Star Force-Serie zusammenhängen: Im Prolog wird Harp Note von ClockMan.EXE (einem NetNavi, der durch das Erzeugen von Warp-Löchern durch die Zeit reisen kann) entführt, der in die Mega Man Battle Network-Ära 200 Jahre in der Vergangenheit flieht. Dr. Goodall bereitet ein Warp-Loch vor, damit der Star Force Mega Man ihnen folgen kann, und warnt ihn, dass er nur in seine Zeit zurückkehren kann, wenn er ClockMan findet. Nach dem Kampf gegen ElecMan.EXE nimmt ClockMan Roll.EXE gefangen, und MegaMan.EXE sucht im Internet nach ihr, nachdem er gehört hat, dass sich zu dieser Zeit ein seltsames blaues Navi in der Gegend aufhielt. Als er den Star Force Mega Man sieht, glaubt MegaMan.EXE, dass er derjenige ist, der Roll.EXE gefangen genommen hat, und kämpft gegen ihn, aber später erkennt er, dass er unschuldig ist und die beiden schließen sich zusammen, um gegen ClockMan zu kämpfen. Nachdem sie ClockMan besiegt haben, kehren Mega Man (SF) und Harp Note in ihre Zeit zurück, und Mega Man (SF) gibt MegaMan.EXE ein Programm, mit dem der Spieler ihn und seinen Battle Chip benutzen kann. Während des Abspanns wurde eine zusätzliche Szene eingefügt, die zeigt, wie Mega Man (SF) und Harp Note (SF) erfolgreich in ihre Zeitlinie zurückkehren, wo sie von ihren Freunden begrüßt werden, obwohl Luna die beiden nicht allzu gern zusammen gesehen hat.