Mystical Ninja Starring Goemon

Die Geschichte folgt Goemons Kämpfen, um die Bande der Peach Mountain Shoguns daran zu hindern, Japan in ein verwestlichtes Kunsttheater zu verwandeln. Die Handlung sieht drei filmische Musikeinlagen und Kämpfe zwischen Riesenrobotern vor; wie andere Ganbare Goemon-Spiele ist sie mit surrealistischem Humor und Anachronismen gespickt. Der Protagonist von Mystical Ninja ist Goemon, ein heißblütiger, Kiseru-schwingender Ninja mit blauem, buschigem Haar, der lose auf dem legendären Dieb Ishikawa Goemon basiert. Der Fürst von Oedo bittet ihn, diejenigen zu finden, die das Schloss Oedo verstümmelt haben. Goemon lebt in Oedo Town und ist mit Ebisumaru befreundet, einem seltsamen, gefräßigen, dicken Mann, der ein blaues Kopftuch trägt. Ebisumaru wird als faul und pervers beschrieben. Ihr kunai-werfender Freund Sasuke ist ein mechanischer Ninja (hergestellt vom Weisen von Iga), der gerne heiße Bäder und japanischen Tee genießt. Abgerundet werden die Helden von Yae, einer wilden, schwertschwingenden Kunoichi, die zufällig auf Goemons Bande in Zazen Town trifft. Die Bösewichte des Spiels kommen von der Organisation Peach Mountain Shoguns und sind eine Bande von vier "Spinnern" unter der Führung von Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) und Kitty Lily (Margaret Ranko). Sie beabsichtigen, Japan in eine Bühne für ihre Talente zu verwandeln.