Contra: Shattered Soldier

Im Jahr 2642 n. Chr. ist die Erde noch immer von früheren Konflikten mit Außerirdischen gezeichnet, und die Umweltprobleme wachsen über die Kontrolle der Menschheit hinaus. 80% der Bevölkerung des Planeten wurden durch eine Fehlfunktion eines hypermagnetischen Waffennetzes während der Entwicklung vollständig vernichtet. Bill Rizer, der Held der Alienkriege, wurde für den Vorfall verantwortlich gemacht, ebenso wie für den Mord an seinem Partner Lance Bean, der ihn angeblich aufhalten wollte. Er wurde zu einer Strafe von 10.000 Jahren in einem kryogenen Gefängnis verurteilt. Fünf Jahre später, im Jahr 2647, sieht sich die Erde jedoch einer neuen Bedrohung gegenüber: Die Terrororganisation "Blutfalke", die von einem mysteriösen und übermenschlichen Kommandanten angeführt wird, verbreitet Panik auf der Welt. Die herrschende Regierung, das so genannte "Triumvirat", beschließt, Bill Rizer angesichts seiner früheren Erfolge bei der Verteidigung der Erde vorzeitig freizulassen, in der Hoffnung, den Blutfalken zu neutralisieren. Lucia, eine fortschrittliche Cyborg-Soldatin, die von der Regierung aus der Forschung von Dr. Geo Mandrake entwickelt wurde, wird geschickt, um Bill bei seinen Bemühungen zu begleiten und zu unterstützen. Bill findet schließlich heraus, dass Lance noch lebt und in Wirklichkeit der Kommandant von Blood Falcon selbst ist. Nachdem er Lance besiegt hat, stellt sich heraus, dass die Außerirdischen aus den vergangenen Spielen angegriffen haben, weil das Triumvirat ihnen heimlich eine geheimnisvolle, mächtige "Reliquie" gestohlen hat. Mit dieser Information müssen Bill und Lucia das Triumvirat konfrontieren und das Geheimnis der außerirdischen Reliquie lüften.